Fino alla metà del secolo scorso, a Porto Santo Stefano non c'era un cantiere navale. Il lavoro di manutenzione e riparazione delle imbarcazioni era affidato totalmente all'opera dei calafati, che all'Argentario vantavano una solida ed antica tradizione. Le prime notizie documentate a questo proposito risalgono tra la seconda metà del 700 e la prima metà del'800.

Nel 1845, fu costruita una piccola darsena dove l'attività di calafati, carpentieri e maestri d'ascia si spostò, ed intorno agli anni ‘30 furono costruiti gli scali di alaggio.

Il CNA vero e proprio nasce nell'ottobre del 1945, quando il paese mostrava ancora le ferite della guerra. Riunite le maestranze l'attività del Cantiere iniziò con la riparazione dei motopescherecci danneggiati dalla guerra e con la costruzione ex novo di barche da pesca che rinvigorirono la flottiglia locale, decimata dalle vicende belliche.

Il primo peschereccio varato fu il Mazzini, seguirono l'Ochetta, il Filippo Neri, l'Isabella, il Vittorio, il Ferdinando Padre, il Marc'Antonio e molti altri ancora. Nel 1957, apertesi le prospettive turistiche, il Cantiere si dette una nuova organizzazione amministrativa e la attività si orientò sempre più verso la nautica da diporto. I vecchi maestri d'ascia hanno tramandato il mestiere ai loro “ragazzi di bottega” e con il passare degli anni, seppur al passo con i tempi per tecnologia e materiali, il Cantiere è volutamente rimasto un laboratorio artigianale, dove carpentieri, falegnami e fabbri lavorano con passione, forti della tradizione ereditata.